Fantomex è stato creato nei laboratori del Programma Arma Plus con sede nel Regno Unito. All'interno del Mondo, struttura creata dall'uomo per permettere al suo interno un'accelerata evoluzione biologica tramite l'infusione di naniti in modo da creare ibridi umano-mutante-Sentinella da opporre contro la popolazione mutante, sua madre venne fecondata da nanomacchine e una volta partorito il bambino venne posto all'interno di camere di stasi che ne velocizzarono lo sviluppo psicofisico con innesti di tessuti tecnorganico e infusione di nanomacchine a livello cellulare; durante questo periodo la sua designazione fu "Charlie Cluster-7" benché dopo la sua fuga adottò l'identità francese di "Jean-Philippe".
E' dotato di forza, velocità, destrezza e resistenza superumani, inoltre possiede un fattore rigenerante potenziato dall'acqua; Fantomex possiede tre cervelli multipli, capaci di pensiero indipendente e parallelo l'uno dall'altro e sangue nano-attivo: i naniti presenti nel suo sangue e nel suo cervello gli proibiscono di credere in qualsiasi cosa o essere più "grande" di sé stesso; Fantomex ha in dotazione inoltre un doppio sistema nervoso, il primo e più raffinato è esterno ed è contenuto in E.V.A. l'altro, presente nel suo corpo, viene usato nei momenti d'emergenza, come nel caso in cui E.V.A. dovesse essere danneggiata. Quest'ultimo sistema è molto meno complesso, molto basilare, tanto che non gli consente una visione a colori.
E' un esperto decifratore del linguaggio del corpo; è abile ad imporsi un'auto-ipnosi così da operarsi da solo; inoltre è capace di creare illusioni molto realistiche; fra le sue molte armi e dotazioni conta anche numerosi pannelli in ceramica presenti nella maschera che impediscono ai telepati di accedere alla sua mente.
Addestrato nel combattimento stealth, ha notevole esperienza sia con le armi da fuoco che da taglio. Nell'uso delle armi ha una mira formidabile.
E.V.A.
Fantomex possiede un sistema nervoso esterno, contenuto nella sua partner E.V.A., un organismo bio-meccanico, che lui afferma essere emerso dalla sua bocca durante il periodo trascorso nel Mondo. E.V.A. è capace di assumere varie forme e dimensioni, compresa quella di una forma umanoide, anche se in realtà mantiene quasi sempre la forma di una navetta volante simile ad un U.F.O. permettendo così a Fantomex e ai suoi compagni di viaggiare velocemente da un posto all'altro, comodamente seduti al suo interno. La relazione tra di loro, oltre che telepatica, è empatica cosicché quando l'uno prova dolore, anche l'altra lo sperimenta; inoltre è anche un relazione di tipo simbiotico, per cui E.V.A. soffre quando sta troppo a lungo distante da lui; al contrario quando E.V.A. è lontana, Fantomex non prova dolore, o soffre per le ferite eventualmente riportate da questa entità. Oltre a permettere di guidarla a distanza e utilizzare i suoi "occhi" per avere un altro tipo di visuale, E.V.A è anche dotata di un proprio armamento capace di generare e rilasciare potenti raggi energetici.
